La historia se desarrolla en el año 2059, en la 25ª Flota De Emigracion, Macross Frontier. Macross Frontier (, Makurosu Furontia), es la continuación subsecuente de Macross 7, en el mundo de Macross. El VF-25 Messiah, es el ultimo "variable fighter" que aparece en esta serie contra el enemigo de turno que son los "Vajra".