Cuando Sakura Kinomoto comienza su primer año en el instituto, tiene un misterioso sueño y tras ello todas las cartas de Sakura que convirtió en el pasado pasan a ser transparentes. Este premonitorio sueño es el principio del fin de un nuevo conflicto que tendrá como escenario Tomoeda y que obligará a Sakura a, con ayuda de Syaoran, Kero, Tomoyo y el resto de sus amigos, capturar de nuevo las cartas mágicas.