Esta es la primera parte de la segunda temporada de Danganronpa. El mundo ha sido destruido debido al peor y más desesperante incidente que haya ocurrido en la historia de la humanidad, causado por el desespero de una preparatoria. Para salvar al mundo de la desesperación, se ha establecido la Future Agency (Agencia del Futuro). Makoto Naegi y el resto de la clase 78, quienes vencieron a Junko Enoshima, son ahora parte de esta agencia. Aunque está trabajando en la reconstrucción del mundo, Naegi es acusado del crimen de traición por cubrir a los ‘Remnants of Despair” Todos los miembros de la Future Agency se reúnen para decidir el castigo que se le debe aplicar a Naegi. Pero todos son encerrados en juego mortal ‘Final Koroshiai’ de Monokuma. A todos se les ha dado una droga para dormirlos y se les ha dicho que el traidor viene para matarlos. Lo único que pueden hacer para mantenerse vivos es encontrar al traidor y matarlo.
