Esta historia ocurre dos años en el futuro de Tokyo Ghoul Root A. Tokyo continúa sumido en la desesperación y sometido por las criaturas que se comen a los humanos en las sombras. Estos mounstros que habitan en las sombras y cuyo origen es un misterio, asaltan a la humanidad en las calles de Tokio. En el CCG, la única agencia que investiga los incidentes conectados con los Ghouls y que también los resuelva, Haise Sasaki ha sido asignado con una única orden. La cual es supervisar a 4 niños problemáticos conocido como Quinx mientras tiene que lidiar con sus propios sufrimientos.
